Le package Rarity permettant de calculer les indices de rareté pour espèces et assemblages d’espèces est disponible sur le Comprehensive R Archive Network.

Ce package permet de calculer facilement les nouveaux indices qui intègrent le seuil de rareté ; cette flexibilité permet de les adapter quelque soit le taxon, la zone géographique et/ou l’échelle spatiale auxquels on travaille, c’est-à-dire à la base de donnée sur laquelle on travaille. Voir la section indices de rareté pour plus de détails et des exemples.

Le package requiert simplement les données d’occurrence des espèces pour pouvoir calculer les poids de rareté, et les données en présence-absence ou en abondance par site/assemblage/communauté pour pouvoir calculer les indices de rareté des sites/assemblages/communautés.

Le package Rarity intègre deux fonctions majeures :

  • rWeights – Cette fonction permet de calculer les poids de rareté pour les espèces en intégrant le seuil de rareté. Des poids de rareté multi-échelles peuvent être calculés avec cette fonction. Elle permet également de calculer des poids de rareté avec des méthodes plus classiques (par exemple l’inverse de l’occurrence).

 

Courbe d'attribution des poids de rareté
Courbe d’attribution des poids de rareté

 

  • Irr – Cette fonction permet de calculer des indices de rareté pour assemblages d’espèces, sur la base des poids de rareté.

Une présentation en PDF avec des exemples d’utilisation du package est diponible sur ce lien : rarity-package

Références

Leroy B., Canard A. & Ysnel F. In Press. Integrating multiple scales in rarity assessments of invertebrate taxa. Diversity and Distributions

Leroy B., Pétillon J., Gallon R., Canard A. & Ysnel F. 2012. Improving occurrence-based rarity metrics in conservation studies by including multiple rarity cut-offs. Insect Conservation and Diversity 5:159-168.